Le lycée Charlemagne de Pointe-Noire est un établissement de droit local associé par convention, en vertu des dispositions de l’article L.452-4 du code de l’éducation, à l’exercice des missions de service public de l’Agence pour l’Enseignement Français à l’Etranger (AEFE).

L’enseignement dispensé au lycée Charlemagne, dans le premier comme le second degré est conforme aux programmes, aux objectifs pédagogiques, aux principes fondamentaux et aux règles d’organisation de l’enseignement public en France.

Le lycée est dirigé par un chef d’établissement, proviseur est le  responsable pédagogique de l’établissement , garant de la conformité des enseignements en rapport avec l’homologation. Il a autorité sur tous les personnels de l’établissement quelque soit leur statut ou mode de recrutement.

Le lycée est financièrement géré par un comité de gestion de douze membres issus de l’Association des Parents d’Elèves (APE) du lycée Charlemagne.

Le comité de gestion est l’organe exécutif de l’APE, il porte la responsabilité financière et juridique de l’établissement. Il est organisé en bureau, et commissions.